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LAMMPS 模拟教程全新发布,助力科研入门分子模拟世界

ahcoder 2025-06-24 11:11 2 浏览

https://arxiv.org/html/2503.14020v1

本研究发布了8个层层递进的LAMMPS模拟教学教程,并配套开发了专属图形界面LAMMPS–GUI,显著降低了分子模拟的入门门槛。

研究背景:

随着开源分子模拟软件(如LAMMPS)的广泛应用,研究人员可以轻松进行复杂的原子和分子模拟。但由于这些软件功能繁多、输入复杂,新手常常难以上手,甚至误用,影响模拟准确性。因此,开发系统性的教学资源与用户友好工具显得尤为重要。

教程主要内容:

本教程体系共包含八个逐步深入的实例:

  1. 1. 介绍Lennard-Jones流体的基本分子动力学模拟;
  2. 2. 探讨碳纳米管的力学拉伸过程(含可断裂与不可断裂键模型);
  3. 3. 构建溶剂-聚合物混合系统,展示电荷与长程作用处理;
  4. 4. 演示电解质在纳米通道中流动的非平衡模拟;
  5. 5. 应用ReaxFF反应力场实现化学反应建模;
  6. 6. 使用大正则蒙特卡洛方法模拟开放体系;
  7. 7. 引入增强采样技术“伞形采样”进行自由能计算;
  8. 8. 模拟尼龙聚合反应并追踪水分子生成过程。

每个教程都通过LAMMPS–GUI进行交互式操作,辅以可视化渲染、热力学数据实时监控与动画生成,并整合Python进行数据后处理。

教程特点:

  • o 教学实用性:教程涵盖从基础到高级技术,适用于初学者和进阶用户,降低了学习曲线。
  • o 功能扩展性:通过LAMMPS–GUI图形界面,用户可快速编辑、运行、可视化和调试模拟输入文件。
  • o 物理真实性:在多个教程中展示了真实物理过程的建模与分析,如应力–应变曲线提取、混合动力学观察、键断裂跟踪等。
  • o 跨平台兼容:提供完整输入文件、可视化配置与Python分析脚本,支持Windows、Linux和macOS。

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